2000年7月，伊利亞·佩特科維奇取代博什科夫擔(dān)任主教練。在2002年世界杯預(yù)選賽中，南斯拉夫與俄羅斯，斯洛文尼亞，瑞士，法羅群島和盧森堡分在第1組。但是南斯拉夫以小組第三名結(jié)束了資格賽，僅落后第二名斯洛文尼亞一分，那么2006年世界杯塞維利亞比賽結(jié)果又是如何呢？
佩特科維奇繼續(xù)擔(dān)任球隊(duì)主教練，然而，2006年世界杯的資格是不同的，塞爾維亞和黑山以6勝4平的戰(zhàn)績(jī)排名小組第一，領(lǐng)先于西班牙、比利時(shí)、波斯尼亞和黑塞哥維那、立陶宛和圣馬力諾。塞爾維亞和黑山隊(duì)在十場(chǎng)比賽中也只允許一個(gè)進(jìn)球，這是所有51支參加資格賽的球隊(duì)中最好的防守記錄。
2006年6月3日，在全民投票之后，黑山宣布脫離塞爾維亞獨(dú)立。由于世界杯即將開(kāi)始，決定獲得比賽資格的塞爾維亞和黑山隊(duì)將參加比賽，一旦球隊(duì)不再參加比賽，就分成代表黑山和塞爾維亞新國(guó)家的單獨(dú)球隊(duì)。
在小組賽中，塞爾維亞和黑山輸給了荷蘭。最終比分是1-0，阿爾詹·羅本打進(jìn)了比賽的唯一進(jìn)球。他們還以6-0輸給了阿根廷，這是塞爾維亞和黑山有史以來(lái)最糟糕的國(guó)際比賽成績(jī)。由于球隊(duì)兩場(chǎng)失利，荷蘭和阿根廷贏得了兩場(chǎng)比賽，塞爾維亞和黑山無(wú)法再獲得淘汰賽的資格，而是在對(duì)陣科特迪瓦的最后一場(chǎng)小組賽中獨(dú)自一人。在上半場(chǎng)大部分時(shí)間里以2-0領(lǐng)先之后，大象隊(duì)設(shè)法以3-2獲勝，塞爾維亞和黑山?jīng)]有得分。
